X-Men 3: Son Direniş filmi, insanlar ile mutantlar arasında geçen son bir savaşı konu alır. Filmde öne çıkan olaylar: Mutant tedavisi: Worthington Labs adlı bir şirket, mutantların yeteneklerini ortadan kaldıran bir ilaç (Cure) geliştirir. Jean Grey'in dönüşü: Serinin ikinci filminde ölen Jean Grey, mistik bir şekilde geri döner. Phoenix gücü: Jean Grey, kendini feda ettiğinde serbest kalan ve onu hayata döndüren "Phoenix" adlı karanlık bir güce sahiptir. Film, serinin önceki filmi X2'nin devamı niteliğindedir ve orijinal X-Men üçlemesinin son filmidir.