X-Men 3: Son Direniş (X-Men: The Last Stand), mutantların özel yeteneklerini ortadan kaldıracak bir tedavi yönteminin bulunması etrafında şekillenen olayları anlatır. Bu durum, mutant liderleri Charles Xavier ve Magneto arasında büyük bir görüş ayrılığına yol açar. Sonuç olarak, film, mutantlar ve insanlar arasındaki son ve en büyük savaşı konu alır.