Warehouse 13 dizisi, iki gizli servis ajanının Amerika Birleşik Devletleri Başkanı'nı terörist bir saldırıdan kurtarmasının ardından Warehouse 13 adlı gizli bir departmana transfer edilmeleriyle başlar. Bu departman, Güney Dakota'nın ıssız ve gizli bir bölgesinde, devlet tarafından ele geçirilen garip ve gizemli nesnelerin saklandığı bir depodur. Dizide, ajanlardan Pete'in kural tanımaz ve meraklı, Myka'nın ise kuralcı ve dikkatli bir yapıya sahip olması, bu iki zıt karakterin bir şekilde birbirlerini tamamlayarak görevlerini sürdürmeleri konu edilir.