Ultimate Örümcek Adam dizisi, genetik yapısı değiştirilmiş bir örümcek tarafından ısırılan Peter Parker'ın süper kahraman olma hikayesini anlatır. Peter, bir hırsızı durdurmadığı için amcası Ben'in ölümüne sebep olur ve bu olaydan büyük bir suçluluk duyar. Dizide, Peter'ın lise hayatı, kız arkadaşı Mary Jane Watson ile olan ilişkisi, web tasarımcısı olarak çalıştığı işi ve aile hayatı gibi konular da işlenir.