Transformers: Prime 3. sezonda Autobot üssü Megatron tarafından yok edildikten sonra, hayatta kalan Autobotlar ve Decepticonlar ayrı ayrı hikayeler yaşarlar. Öne çıkan olaylar: - Optimus Prime'ın durumu: Optimus'un hayatı tehlikededir ve hafızasını kaybetmiştir. - Yeni karakterler: Shockwave ve Predaking gibi yeni karakterler tanıtılır. - Predacon projesi: Decepticonlar, eski Cybertronian ırkı olan Predaconları klonlamaya çalışır. - Ultra Magnus'un gelişi: Ultra Magnus, Autobotlara yardım etmek için Dünya'ya gelir. - Final savaşı: Sezon, Autobotların Decepticonlarla yaptığı son bir savaşla sona erer.