"Ninja Kaplumbağalar: Mutant Kargaşası" (Teenage Mutant Ninja Turtles: Mutant Mayhem), insanların dünyasını korumaya çalışırken kendilerini büyük bir tehlike ile karşı karşıya bulan Kaplumbağa kardeşlerin hikayesini anlatıyor. Filmin konusu özetle şu şekilde: Kaplumbağa kardeşler, yıllarca insanların dünyasını korumak için çaba gösterdikten sonra, artık normal gençler olarak kabul edilmek ve New Yorkluların kalbini kazanmak isterler. Ancak çok geçmeden beklenmedik bir tehlike ile karşı karşıya kalırlar ve üzerlerine salınan mutant ordusunu etkisiz hale getirebilmek için zorlu bir mücadeleye girişirler.