Thuppakki, Hint Ordusu'nda görevli bir istihbarat subayı olan Kaptan Jagadish Dhanapal'ın, Mumbai'de bir terör hücresini takip edip yok etme görevini anlatıyor. Jagadish, bir otobüs bombalamasını gördükten sonra, şehrin çeşitli yerlerinde saldırılar planlayan bir uyku hücresi ağının varlığını ortaya çıkarır. Film, vatanseverlik, terörizm, yargısız eylemlerin etik sonuçları ve sivil ile askeri yaşam arasındaki ikilem gibi temaları işliyor.