The X-Files 6. sezonunun iptal edilme nedeni, dizinin Los Angeles'a taşınması ve bu değişikliğin bazı hayranlar tarafından olumsuz karşılanması olarak belirtilmektedir. 6. sezonun birçok bölümünde, önceki sezonlardaki "canavar haftası" formatından uzaklaşılarak daha romantik ve komik hikayeler işlenmiştir. Ayrıca, başrol oyuncuları David Duchovny ve Gillian Anderson'ın rollerinin azaltılması, dizinin ana karakterinin değişmesine neden olmuş ve bu da izleyicilerin geçiş yapmasını zorlaştırmıştır. Diğer faktörler arasında, 11 Eylül saldırılarının ardından izleyicilerin hükümet komplolarını konu alan bir diziye olan ilgisinin azalması da bulunmaktadır. The X-Files, 9. sezonun ardından tamamen sona ermiş, ancak daha sonra Fox ve Chris Carter tarafından 2016'da iki yeni sezon için geri getirilmiştir.