The Flash 3. sezon, Barry Allen'ın (The Flash) "Flashpoint" olarak adlandırılan bir zaman çizgisi yaratması ve bunun sonucunda ortaya çıkan yeni düşman Savitar ile yüzleşmesini konu alır. Sezonun bazı olayları: Barry, annesini kurtarmak için geçmişe gider ve bu, onun orijinal zaman çizgisini değiştirir. Yeni zaman çizgisinde, Barry'nin ebeveynleri hayatta, Cisco bir milyarder ve Caitlin çocuk doktoru olmuştur. Wally (Kid Flash), yeni bir düşman olan Edward Clariss (The Rival) ile mücadele eder. Barry, Wally ile birlikte çalışarak Clariss'i durdurur, ancak Wally bu süreçte ağır yaralanır. Barry, en yakınlarına zarar veren yeni zaman çizgisini kabul edemez ve Savitar'ı durdurmak için Thawne'in geçmişe dönmesine ve Nora'yı öldürmesine izin verir, böylece zaman çizgisini yeniden düzenler. Ayrıca, Cisco yeni güçlerini kabullenmeye çalışır ve Caitlin'in gizli kriyokinetik yetenekleri ortaya çıkar.