Teşkilat dizisinde bazı karakterlerin ayrılma nedenleri: Ezgi Şenler (Pınar), senaryoya göre canlandırdığı karakterin, Zehra tarafından patlatılan bomba sonucu hayatını kaybetmesi nedeniyle diziden ayrıldı. Gürkan Uygun (Yıldırım) ve Hakan Boyav (Tövbekar), karakterlerinin hikayeleri sona erdiği için diziden çıktılar. Tuvana Türkay (Kate "Kraliçe"), sezon finalinde Altay tarafından vurularak öldürülmesi sebebiyle diziden ayrıldı. Ayrıca, Atılay Uluışık (Sermet), vurularak ölmesi nedeniyle 59. bölümde diziden ayrıldı. Deniz Baysal (Zehra Balaban) ise kendi isteğiyle diziden ayrıldı.