"Teşkilat" dizisinin en iyi bölümünün hangisi olduğuna dair kesin bir yanıt vermek mümkün değildir, çünkü bu, kişisel zevklere göre değişebilir. Ancak, dizinin bazı bölümleri yüksek reytinglerle öne çıkmaktadır. Örneğin, 6 Nisan 2025'te yayınlanan 138. bölüm, tüm kategorilerde zirvede yer alarak 8.97 (Total), 9.32 (AB) ve 9.72 (20+ABC1) reyting almıştır. Ayrıca, 20:56'da başlayıp 24:08'de sona eren 10 Haziran 2025 tarihli bölüm, %7.91 reyting oranı ve %20.30 share oranıyla birinci sıraya yerleşmiştir. En iyi bölüm hakkında daha kesin bir görüş için izleyicilerin yorumları ve eleştirmenler tarafından yapılan değerlendirmeler incelenebilir.