"Teşkilat" dizisinin engelli olma nedeni, yapımcı ve senarist Kazım Karabekir Kurtoğlu'nun, dizinin marka hakkının kendisine ait olduğunu ve senaryosunun çalındığını iddia ederek TRT ve dizi yapımcısı TİMS B Stüdyo'ya açtığı davadır. Ayrıca, dizinin 75. bölüm fragmanında yer alan bir replik nedeniyle de yayından kaldırıldığı düşünülmektedir.