Teşkilat dizisinin 1. bölümünde, Türkiye'ye karşı harekete geçen karanlık bir yapı, İHA ve SİHA programını hedef alır. Ekibin kurulma süreci şu şekilde gelişir: Deneyimli istihbaratçı Mete Bey, ekipte yer almasını düşündüğü isimlerle tek tek görüşerek, herkesin sevdiklerinden vazgeçip "ölü" gibi yaşamayı kabul etmesini teklif eder. Teklifi kabul eden ekip üyeleri, ailelerine veda ederek, resmi olarak ölmüş gibi yaşamaya başlarlar. Bu ekibin amacı, teröristlerin düzenlediği saldırıları önlemek ve çalınan bilgileri geri almaktır. Bölümün diğer önemli olayları arasında, Zehra'nın boşanmış olması ve kızı için yaşadığı zorluklar, Aybüke öğretmenin şehit edilmesi de yer alır.