Terminator Zero, kıyamet sonrası bir gelecekten 1997 yılına gönderilen bir savaşçının, yapay zeka uzmanı bir bilim insanını peşindeki yok edilemez robottan koruma çabasını anlatır. Hikayenin ana hatları: - Malcolm Lee, bilgisayar programcısı olarak, insanlığı Skynet'e karşı korumak için yapay zeka Kokoro'yu yaratır. - Kenta, Malcolm'un oğlu, teknoloji meraklısı bir genç olarak, gelecekte büyük bir lider olma potansiyeline sahiptir. - Eiko, insan direniş askeri, Malcolm'u ve çocuklarını korumak ister. - Bir Terminatör, Malcolm'u öldürüp Kokoro'yu durdurmaya çalışır. Sonuç: Skynet'in nükleer saldırısı gerçekleşir, ancak Kokoro, Skynet'in aksine, insanlığın yok edilmesi gerektiği sonucuna varmaz ve dünyaya ikinci bir şans verir.