Superman II, Superman'in (Clark Kent) sevgilisi gazeteci Lois Lane'in rehin alındığı bir olaya müdahale etmesi ve teröristlerin ele geçirdiği nükleer bir roketi patlamadan saniyeler önce uzaya göndermesiyle başlar. Ancak bu patlama, Krypton'da yargılanmış ve uzun yıllar önce başka bir boyuta hapsedilmiş olan General Zod ve adamlarını uyandırıp bizim boyutumuza getirir. Üç kötü adam, kendilerinin de Superman gibi güneş sayesinde süper güçlere sahip olduğunu anlar ve dünyayı ele geçirmeye çalışır. Clark Kent, Lois'e olan sevgisini ve onunla birlikte olma arzusunu açıklar ve süper güçlerini ortadan kaldırarak ölümlü hale gelir. Clark ve Lois birlikte olur, ancak Zod ve diğer kötüler dünyayı fethetme planlarına devam eder. Sonunda, Superman güçlerini geri kazanır ve Zod ile diğer kötüleri, güçlerini kaybettikleri kristal odaya çeker. Film, Superman'in Lois'in hafızasını silmesiyle sona erer.