SüngerBob KarePantolon'un en iyi bölümleri arasında şunlar öne çıkmaktadır: 1. "Mezarlık Vardiyası": 2002 yılında yayınlanan bu bölüm, hayranların en sevdiği Cadılar Bayramı özel bölümü olarak kabul edilir. 2. "Krabby Patty Korkusu": 2005 yılında 4. sezonda yer alan bu bölüm, Yengeç Köftesi'nden korkmayı konu alır. 3. "Hayalet Sunucu": 4. sezonda, Uçan Hollandalı'nın hayaletinin SüngerBob'un yanında kaldığı bölüm. 4. "Ben Genç Bir Garyydim": Gary'nin gençliğini anlatan bu bölüm, serinin önemli anlarından biridir. 5. "Şaşkın Kral": Güç zehirlenmesinin sonuçlarını anlatan ve ciddi mesajlar veren bir bölümdür.