Sonic Prime 3. sezonunda, Sonic ve arkadaşları, Dokuz (Nine) ile yüzleşir. Green Hills'in Yıkımı: Sonic'in evi olan Green Hills, Dokuz tarafından yok edilir. Sonic'in Fedakarlığı: Sonic, dünyayı kurtarmak için kendini feda etmeyi teklif eder ve zayıflar. Dokuz'un İhaneti: Dokuz, Sonic'e ihanet eder ve Paradoks Prizması'nı çalar. Gerçekliklerin Korunması: Dokuz, Prism'in gücünü kullanarak karakterlerin ev gerçekliklerini geri yükler. Sezon, uzak bir mavi şok dalgasının görülmesiyle sona erer. Sonic Prime 3. sezonunun, dizinin finali olması muhtemeldir, çünkü proje başından itibaren 24 bölüm olarak planlanmıştır.