Sonic Prime'ın ilk sezonu, Sonic the Hedgehog ve Dr. Eggman arasındaki bir savaş sırasında Sonic'in, gerçeği bükme güçlerine sahip bir kristal olan Paradox Prizması'nı paramparça etmesini konu alır. Sonic, bu çoklu evrende kendisinin olmadığı, ancak arkadaşlarının (Tails, Knuckles, Amy Rose, Rouge ve Big) alternatif versiyonlarının yaşadığı dünyalara seyahat eder. Sonic, Prizma'yı yeniden bir araya getirmeye ve gerçekliğini geri kazanmaya çalışırken, farklı versiyonlardaki arkadaşlarıyla iş birliği yapar.