Shinobi: Heart Under Blade, iki ninja klanı olan Iga ve Kouga arasındaki çatışmayı ve Gennosuke (Kouga) ile Oboro (Iga) arasındaki kader dolu aşkı konu alır 34.

Film, Japon Sengoku döneminin hemen sonrasında geçer 34. Savaş lortları için güçlü ninjalar yetiştiren iki klan, yüzlerce yıldır birbirleriyle kan davası içindedir 4. 1614 civarında, Japonya'nın hükümdarı ve Tokugawa Şogunluğu'nun kurucusu Tokugawa Ieyasu, iki klanın oluşturduğu tehdidi algılar 34. Saltanatını pekiştirmek amacıyla, klanları ölüm dövüşüne davet ederek aralarındaki feudu körükler 34.

Sırasıyla iki klanın liderleri olarak seçilen Kouga Gennosuke (Joe Odagiri) ve Oboro (Yukie Nakama), gizlice evlenmiş olmalarına rağmen, kendilerini Ieyasu'nun siyasi planının içinde bulurlar 34. Bu anlamsız ve acımasız savaşı önlemek için ellerinden geleni yaparlar, ancak tüm arkadaşlarının ölümünden sonra kaderlerini kabul ederler 34.

Son dövüşte, Kouga Gennosuke kendini savunmamayı seçer ve sevgilisi Oboro'nun onu öldürmesine izin verir, böylece Iga klanının "kazanmasını" sağlar 34. Bu arada, Ieyasu ordularını ninja köylerini yok etmek için gönderir 34. Gennosuke'nin onları kurtarma umudunu gerçekleştirmek için Oboro, Ieyasu'ya köyleri yok etmemesi için yalvarır ve samimiyetinin bir göstergesi olarak gözlerini kör eder, böylece en güçlü silahlarını, gözleriyle bir bakışta bir düşmanı yok etme gücünü yok eder 34.

Oboro'nun derinden etkilenmesiyle, Ieyasu ordularını geri çeker ve ninja köylerini koruma emri verir 34. O andan itibaren, köyler barış içinde yaşar 34.