Marvel's Agents of S.H.I.E.L.D. 5. sezonunda yaşanan bazı önemli olaylar şunlardır: 1. Gelecekte Geçen Hikaye: S.H.I.E.L.D. ekibi, kendilerini 2091 yılında, Dünya'nın yok edildiği ve insanlığın Kree tarafından köleleştirildiği bir gelecekte bulur. 2. Kasius ve Hizmetkarları: Kree lideri Kasius, Jemma Simmons'ı kişisel hizmetkarı yapar ve onu diğer S.H.I.E.L.D. ajanlarından ayırır. 3. Kaçış ve Devrim: Fitz, Simmons, Coulson ve May, Kasius'un elinden kaçarak Lighthouse'da bir isyan başlatır ve Kree yönetimine son verir. 4. Zaman Yolculuğu: Leo Fitz, Enoch'un yardımıyla geçmişe döner ve S.H.I.E.L.D. ekibini kurtarmak için bir zaman makinesi yapar. 5. Fitz'in Ölümü: Sezon finalinde, Fitz bir kaza sonucu ölür ve Simmons büyük bir yıkım yaşar.