Shadowhunters'ın 3. sezonunda yaşanan bazı önemli olaylar şunlardır: 1. Lilith Tehdidi: Lilith, New York'ta bir ordu kurarak Shadowhunters'a karşı bir plan yapar. 2. Jace'in Şüpheleri: Jace, Jonathan Morgenstern'in geri döndüğünden ve sıradan insanlara saldırılar düzenlediğinden şüphelenir. 3. Simon'un Maceraları: Simon, Seelie Kraliçesi'nin kendisine yaptığı şeyin ne olduğunu anlamaya çalışır ve Daylighter markının gücünü keşfeder. 4. Aile İçi Gerilim: Alec ve Magnus, ilişkileri ve gelecekleri hakkında zorluklar yaşar. 5. Sezon Finali: Sezon, Clary'nin Jonathan'ı yok etmek için bir rune yaratmasıyla sona erer, bu da onun hafızasını ve güçlerini kaybetmesine neden olur.