"Scooby-Doo! ve Krypto, Çok!" filmi, Adalet Birliği'nin gizemli bir şekilde kaybolmasının ardından Metropolis'in kötüler tarafından istila edilmesini konu alır. Hikayenin özeti: Lois Lane ve Jimmy Olsen, Adalet Salonu'nu araştırırken bir hayaletle karşılaşırlar ve yardım için Mystery Inc.'i çağırırlar. Grup, Metropolis'e giderken şehrin kötüler (Giganta, Solomon Grundy, Joker, Harley Quinn, General Zod, Non, Ursa ve Brainiac) tarafından ele geçirildiğini görür. Daily Planet'e sığındıktan sonra, Lois ve Jimmy ile buluşurlar ve durumu açıklarlar. Adalet Salonu'nu gezerken Lex Luthor, Mercy Graves ve Luthor'un köpeği Krypto ile karşılaşırlar. Krypto, gizemli bir süper güçlü köpek olarak ortaya çıkar ve hayaletleri uzaklaştırmak için bir kilitleme başlatır. Grup, Krypto'nun yardımıyla Adalet Birliği'ni kurtarır ve kötüleri durdurur. Film, DC Comics karakterlerinin yer aldığı bir geçiş (crossover) yapımıdır.