Scooby-Doo çizgi filmi, dört genç ve bir köpeğin maceralarını konu almaktadır. Hikaye genellikle şu şekilde gelişir: Scooby-Doo ve arkadaşları, Mystery Machine adlı minibüsleriyle bir gizemi çözmek için yola çıkarlar. Çizgi filmde, mizah ve slapstick komedi unsurları da önemli bir yer tutar.