School Spirits'in 2. sezonunda Maddie Nears'ın bedeni başka bir ruh olan Janet tarafından ele geçirildiği ortaya çıktı. Sezonun ana olayları arasında şunlar yer aldı: Maddie'nin bedenine kavuşması: Sezon finalinde Janet, Maddie'nin bedeninden ayrıldı ve ruhuyla fiziksel bedeni yeniden birleşti. Simon'un kaybolması: Simon, Maddie'yi bulmak için okula girdi ama içeride mahsur kaldı. Wally'nin kaybolması: Sezonun sonunda diğer hayaletler, Wally'nin kaybolduğunu fark ettiler. Ayrıca, Mr. Martin'in Janet ve diğer hayaletlerle olan ilişkisi ve onların okulla bağlantısı gibi yeni gizemler de açığa çıktı.