Rebirth of Mothra (Mothra'nın Yeniden Doğuşu) filmi, milyonlarca yıl önce Dünya'ya gelen ve bir tür dev moth ile savaşan üç başlı uzay ejderhası Desghidorah'ın hikayesini anlatıyor. Filmin konusu şu şekilde özetlenebilir: Savaşın ardından Desghidorah yenilir ve yeryüzünün altına mühürlenir. Üç Elias, Moll, Lora ve Belvera ile bir moth olan Mothra, hayatta kalan tek kişilerdir. Mothra, türünü korumak için 1997'de bir yumurta bırakır, ancak bu süreçte fiziksel olarak tükenir. Bir kereste şirketi, eski bir iblisin yeraltı hapishanesini keşfeder ve mührü kırar. Belvera, Wakaba'yı kontrol ederek Taiki'ye işkence ettirir. Moll, Lora ve daha küçük bir Mothra olan Fairy, Wakaba'nın yardımıyla Belvera ile mücadele eder, ancak Belvera galip gelir ve Desghidorah'ı serbest bırakır. Desghidorah, çevreyi yaşam gücünden mahrum bırakırken, Mothra onu durdurmak için çağrılır. Mothra'nın larvası, annesinin zayıfladığını hisseder ve ona yardım etmek için erken yumurtadan çıkar. Ancak Desghidorah, larvanın enerjisini emer. Mothra, çocuğunu güvenliğe taşır ve onu bir baraja yönlendirerek Desghidorah'ı oyalar. Mothra, yaşı, yaraları ve yorgunluğundan dolayı çöker ve denize dalarak ölür. Genç moth, annesini kurtarmak için çabalar, ancak başarılı olamaz ve uzaklaşır. Moll ve Lora, mührü Belvera'dan geri alır ve Taiki ile Wakaba'ya emanet eder. Yeni Mothra, eski bir mirastan güç alarak ortaya çıkar ve Desghidorah'ı yener, böylece dünyayı kurtarır. Belvera, intikam sözü vererek kaçar.