"Ninja Kaplumbağalar: Gölgelerin İçinden" filmi, Kaplumbağaların azılı düşmanı Shredder'ın cezaevinden kaçırılması ve doktor Baxter Stockman'ın yönettiği Foot Clan tarafından kaçırılmaya çalışılması etrafında dönüyor. Bu esnada Shredder, farklı bir boyuta geçerek Beyin (Krang) ile karşılaşır ve ondan çok güçlü bir mutant bileşeni alır. Kaplumbağalar, Shredder ve bu güçlü mutantlarla mücadele ederken aynı zamanda New York'ta güvenliği tesis etmek zorunda kalırlar.