NCIS dizisinin ilk sezonu, karakterlerin tanıtılması ve onların güçlü, zayıf yönleri ile becerilerinin ortaya konması üzerine odaklanır. İlk sezonda ayrıca şu olaylar da işlenir: Terör saldırısı: Bir terörist, Başkan ile öğle yemeği yiyen bir donanma komutanının ölümünden sorumlu tutulabilir. Uyuşturucu kaçakçılığı: Bir sürücüsüz tekne ve birkaç ceset, serbest bir uyuşturucu anlaşması ters gidince kıyıya vurur. İntihar soruşturması: Bir denizcinin intihar gibi görünen ölümü, aslında bir cinayet olabilir. Kidnapping: Rogue bir CIA ajanı, ölü olduğu düşünülen bir denizcinin karısıyla iletişime geçmesine neden olur. İlk sezonda, dizinin baş kahramanı Özel Ajan Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon) ve diğer ajanlar Anthony DiNozzo, Abby Sciuto, Donald "Ducky" Mallard ve Timothy McGee tanıtılır.