Mustafa filminin konusu, Mustafa Kemal Atatürk'ün çocukluk yıllarını anlatmaktır. Hikaye, şu şekilde özetlenebilir: Mustafa’nın çocukluğu ve asker olma hayali, günümüzde yaşayan 8 yaşındaki Kemal’e ilham olur. Mustafa’nın hikayesi, Kemal’in 85 yaşındaki dedesi Arif’in dilinden anlatılır. Kemal, ailesi tarafından hayalleri desteklenmeyen bir çocuk olarak tanıtılır. Kemal’in anne ve babası, onun hayal kırıklığına uğramaması için ulaşılabilir hedefler belirlemesini ister. Kemal, astronot olma hayalinden vazgeçmez. Annesi, Kemal’in mutsuzluğunu fark ederek onu dedesinin yanına gönderir. Arif, Mustafa Kemal’in hikayesini anlattığında Kemal, kendi hayalleriyle benzerlikler kurar.