Muhteşem Yüzyıl dizisinde bilinmeyenler arasında şunlar yer almaktadır: 1. Tarihi Gerçekler: Dizi, tarihi olayları hatalı bir şekilde göstermektedir. 2. Karakterlerin Tasviri: Hürrem Sultan ve İbrahim Paşa gibi karakterler, dizideki tasvirleriyle gerçek hayatlarındaki kişiliklerinden farklıdır. 3. Dekor ve Kostümler: Dizi için hazırlanan dekor ve kostümlerin maliyeti oldukça yüksektir. Set için 50 bin metre kostüm kumaşı ve 4 bin metrekare alana 23 ana mekan inşa edilmiştir. 4. Senaryonun Kurgusu: Dizinin senaristi Meral Okay, dizinin bir kurgu olduğunu ve gerçekleri yansıtmak zorunda olmadığını belirtmiştir.