Messiah dizisi, Orta Doğu'da gizemli bir adamın ortaya çıkmasıyla başlayan olayları konu alır. Bu adam, mucizeler yarattığını iddia ederek kendisini Mesih ilan eder ve bu durum toplumda ikiye bölünmeye yol açar: Bir kısım ona inanırken, diğerleri onu bir sahtekar olarak görür. Dizide, CIA ajanı Eva Geller'in bu adamın kökenini araştırması ve onun gerçekten ilahi bir varlık mı yoksa dünyayı bozguna uğratabilecek bir aldatıcı mı olduğunu ortaya çıkarma çabası anlatılır.