Merlin 2. sezonda Camelot, karanlık büyü güçlerinin tehdidi altında kalır ve Merlin, Arthur'u korumak ve krallığın geleceğini güvence altına almak için zor kararlar almak zorunda kalır. Sezonda yaşanan bazı önemli olaylar şunlardır: Kurtadam Saldırısı: Camelot'ta ortaya çıkan kurtadam saldırısı, krallığın güvenliğini tehdit eder ve Merlin, Arthur ve Gwen'i tehlikeli bir göreve iter. Morgana'nın Sırrı: Merlin, Morgana'nın karanlık bir sırrını öğrenir ve onun büyücü olduğunu keşfeder. Barış Antlaşması: Beş kral, Camelot'ta bir barış antlaşması için toplanır, ancak içlerinden biri anlaşmayı sabote etmeye çalışır. Ejderha Lordları: Merlin, Ejderha Lordları ve Dragonlord'un geri dönüşü gibi yeni maceralarla karşılaşır. Son Ejderha: Sezonun sonunda Merlin, son ejderha savaşçısı olduğunu keşfeder ve Camelot'u korumak için son bir ejderha ile ittifak kurar.