Matrix 2 (The Matrix Reloaded) filminin konusu, seçilmiş kişi Neo'nun, Matrix'teki kurtarıcı rolüyle karşı karşıya kaldığı yeni zorlukları anlatır. Bazı olaylar: Ajan Smith'in geri dönüşü: Neo'nun yok ettiği Ajan Smith, kendini kopyalayabilmekte ve çoğaldıkça güçlenmektedir. Zion'un tehdidi: Makineler, insanların özgürce yaşayabildiği tek şehir olan Zion'un yerini öğrenmiş ve buraya saldırmak için yaratıklar göndermektedir. Anahtarcı arayışı: Neo ve arkadaşları, makinelerin dünyasının sırlarını bilen "Anahtarcı"yı bulmak zorundadır. Film, Neo'nun Matrix'in kaynağına ulaşması, Zion'un saldırıya uğraması ve Trinity'nin kurtuluşu gibi temalar etrafında döner.