Matrix 3: Revolutions, insan ve makine savaşı temasını işler. Filmin bazı diğer temaları: Seçim ve gerçeklik: Kahin, insanların kendi kararlarını aldıklarını sanarak Matrix'i tasarlar. Fedakarlık: Neo, insanlığın kurtuluşu için kendini feda eder. Güç ve kontrol: Robotlar, insanları Matrix ile kontrol ettiklerini düşünürler. Ayrıca, filmde Neo'nun, Ajan Smith ile olan mücadelesi ve Zion'a yapılan saldırılar gibi olaylar da yer alır.