Matrix filminin konusu, insanoğlunun ürettiği makinelerin (yapay zekanın) gelişmesi sonrası, insanlar için yarattığı simülasyon üzerine kuruludur. Filmde yaşananlar şu şekilde özetlenebilir: - Gündüzleri saygın bir yazılım firmasında bilgisayar programcısı olarak çalışan Thomas Anderson (Keanu Reeves), geceleri "Neo" takma adıyla program kırarak ve Matrix'i araştırarak geçirir. - Neo, esrarengiz şekilde Trinity ve Morpheus ile tanıştıktan sonra, yaşadığı dünyanın aslında beyninde gerçekleşen bir simülasyondan ibaret olduğunu öğrenir. - Neo, kendini bu durumdan kurtarmak için Morpheus'un önderliğindeki ekibe katılır ve Matrix'in ne olduğunu kavramaya çalışır. Film, istenmeyen distopik bir geleceği tasvir etmektedir.