Malkoçoğlu akıncılarının faaliyetleri, Yıldırım Bayezid, Fatih Sultan Mehmet, Sultan İkinci Bayezid ve Yavuz Sultan Selim gibi padişahlar döneminde gerçekleşmiştir. Yıldırım Bayezid döneminde, Malkoçoğlu Mustafa Bey Sivas valiliğine tayin edilmiştir. Fatih Sultan Mehmet döneminde, Malkoçoğlu Bali Bey'in Eflak ve Macaristan üzerine akınları olmuştur. Sultan İkinci Bayezid döneminde, Kili ve Akkerman'ın alınması ve Boğdan prensliğiyle Karadeniz arasına girilmesi gibi olaylar yaşanmıştır. Yavuz Sultan Selim döneminde ise, Malkoçoğlu Ali Paşa'nın sadrazam olarak görev yaptığı belirtilmiştir. Dolayısıyla, Malkoçoğlu akıncılarının hangi padişah döneminde geçtiğine dair kesin bir bilgi vermek mümkün değildir, çünkü ailenin etkinliği 14. ila 16. yüzyıllar arasında, farklı padişahlar döneminde devam etmiştir.