Lost dizisinin ikinci sezonu, hikayenin gerektirdiği zaman diliminde yaşanan olaylardan dolayı yoktur. İlk sezonda, uçak kazasından sonra karakterlerin adaya düşmesinin ardından, ikinci sezon kazadan sonraki kırk dördüncü günden itibaren başlar. Bu nedenle, ikinci sezon, ilk sezonun hemen ardından gelir ve ayrı bir sezon olarak sayılmaz. Ayrıca, dizinin yapımcıları, ikinci sezonda karakterlerin Dharma Girişimi ile olan bağlantılarını ve bu gizemli istasyonu araştırmalarını konu almışlardır.