"Labirent: Son İsyan" (Maze Runner: The Death Cure) filmi, Thomas ve arkadaşlarının WCKD kontrolündeki "Son Şehir"e girip ölümcül "Işıl" hastalığının tedavisini bulma mücadelesini anlatıyor. Hikaye, serinin önceki kitapları olan "Labirent: Ölümcül Kaçış" ve "Labirent: Alev Deneyleri"nin devamı niteliğindedir. Filmin konusu şu şekilde özetlenebilir: Thomas ve arkadaşları, Labirent'ten kurtulmalarının ardından hapsoldukları tesisten kaçmayı başarmış ve isyancı grup Right Hand ile bir araya gelmeyi başarmışlardır. Minho'yu kurtarmak için yola çıkan Thomas ve arkadaşları, organizasyonun peşine düşer ve bu uğurda aldıkları kararlar sadece arkadaşlarının değil, dünyanın da kaderini değiştirecektir.