Hannibal: Kızıl Ejder, asıl adı Francis Dollarhyde olan ve "Kızıl Ejderha" olarak bilinen bir seri katili ve onu yakalamaya çalışan FBI ajanı Will Graham'ın hikayesini anlatıyor. Dolarhyde, William Blake'in "Harika Kızıl Ejder" tablosundan etkilenerek kendini ideal bir yaşam süren aileler gibi görmeye başlar ve bu aileleri öldürerek güç kazanacağına inanır. Film, paralel kurguyla birden fazla öyküyü iç içe işliyor; Graham - Lecter ilişkisi ve Dolarhyde - Reba McClane ilişkisi arasında gidip geliyor.