Kirpi Sonic 3, Sonic, Tails ve Knuckles'ın, yeni ve güçlü bir düşman olan Shadow'a karşı verdikleri aksiyon dolu mücadeleyi anlatıyor. Shadow, intikam hırsıyla yanıp tutuşan, karanlık bir güce sahip bir karakterdir. Film, nostaljiyi günümüz görsel efektleri ve karakter enerjisiyle harmanlıyor. Ayrıca, arkadaşlık temasının işlendiği filmde, Sonic'in en büyük isteğinin dost edinmek olduğu vurgulanıyor.