Kayıp Karıncalar Vadisi, henüz yumurtadan yeni çıkan yalnız ve yaralı bir uğur böceğinin, tanışıp dost olduğu karıncalarla çıktığı yolculuğu ve bu yolculuğun uğur böceğini nasıl güçlendirdiğini anlatıyor. Filmde, bir kaza sonucu kanatlarından birini ve ailesini kaybeden yavru uğur böceği, gece yağmurdan korunacak bir yer ararken içi kesme şeker dolu bir kutuya sığınır. Grup yolda bir saldırıya uğradığında kahramanlık gösteren yavru uğur böceği, karıncaların güvenini kazanır ve aralarında bir dostluk kurulur. Film, organizasyon, disiplin, dostluk, dayanışma, cesaret ve sorumluluk gibi temaları işliyor.