Karanlık Zihinler (The Darkest Minds) filminin konusu, büyük bir salgın sonrası hayatta kalan özel yetenekli gençlerin hikayesini anlatır. Özetle: - Amerika'daki çocukların büyük bir kısmını öldüren bir salgın gerçekleşir. - Geriye kalan çocuklar ve gençler, özel yetenekler geliştirince devlet tarafından kamplarda tutulmaya başlanır. - 16 yaşındaki Ruby Daly, bu kamplardan birinden kaçmayı başarır ve kendisi gibi kaçak olan diğer gençlere katılır. - Grup, yetişkinlerin savaş açtığı bu dünyada sadece kaçmanın yeterli olmadığını anladığında direnişi başlatır.