Justice League: The Flashpoint Paradox, Flash olarak bilinen Barry Allen'ın, annesini kurtarmak için zamanda yolculuk yapması sonucu gerçekliğin dokusunu kırmasını ve alternatif bir zaman çizelgesinin oluşmasını konu alır. Filmde anlatılan olaylar özetle şu şekildedir: Barry, annesinin mezarını ziyaret ederken kötüler tarafından saldırıya uğrar ve onların, düşmanı Profesör Eobard "Zoom" Thawne tarafından işe alındıklarını öğrenir. Adalet Birliği'nin yardımıyla Thawne'ın planı engellenir, ancak Thawne'ın annesinin ölümüyle ilgili alayları Barry'yi terk ederken peşini bırakmaz. Ertesi gün Barry, dünyanın değiştiğini fark eder: Güçleri yoktur, annesi yaşamaktadır, karısı Iris başka biriyle evlidir ve Adalet Birliği yoktur. Aquaman ve Atlantis güçleri Avrupa'yı batırmış, Wonder Woman ise Amazonları İngiltere'yi fethetmeye yönlendirmiştir. Barry, Batman'in aslında babası Thomas olduğunu anlar ve Batman'i, kendisinin Bruce Wayne değil, mahkum bir suçlu olduğuna ikna eder. Batman'in yardımıyla Barry, güçlerini yeniden kazanır ancak zaman yolculuğu yapamaz çünkü Thawne de Hız Kuvveti'ni kullanmaktadır. Barry, Süpermen'in de aralarında bulunduğu yeni müttefikler toplar ve süper kahramanları savaşı durdurmaya ikna eder. Son savaşta, Thawne öldürülür ve Barry, zamanda geriye giderek kendini durdurur, böylece yeni bir zaman çizelgesi oluşturur. Barry, her şeyin normale döndüğünü görmek için uyanır ve olan biteni anlatmak üzere Bruce Wayne'i ziyaret eder.