Indiana Jones ve Kristal Kafatası Krallığı filminin bazı olumsuz yönleri: Uzaylı Teması: Filmdeki uzaylı ve bilim kurgu unsurları, serinin hayranlarınca klasik Indiana Jones tarzına uymadığı için eleştirilmiştir. Nükleer Patlama Sahnesi: Indy'nin nükleer bir patlamadan bir buzdolabına saklanarak kurtulduğu sahne, karikatürize bulunmuş ve tonal olarak tutarsız kabul edilmiştir. Aşırı CGI Kullanımı: Filmde yoğun olarak kullanılan CGI efektleri, dönemin standartlarına göre vasat bulunmuştur. Hikaye Karmaşıklığı: Filmdeki bazı hikayeler ve karakterler, izleyicinin kafasını karıştıracak kadar karmaşık bulunmuştur. Ancak, filmin aksiyon ve macera unsurları genel olarak olumlu yorumlar almıştır.