"Görevimiz Tehlike: Yansımalar" filminin adının neden "Yansımalar" olduğu, filmin konusuyla açıklanabilir. Solomon Lane'nin yakalanmasından iki yıl sonra, Lane'in örgütünün kalıntıları olan Sendika, Havariler adlı bir terörist grup olarak yeniden örgütlenmiştir. Ethan Hunt, birlikte çalıştığı IMF ekibi ve arkadaşlarıyla, Berlin'deki bir plütonyum kurtarma görevinin ters gitmesi sonucu Havariler'in tehdidi ile karşı karşıya kalır. Film, bu karmaşık ve tehlikeli süreçte insanlığın karşılaştığı yeni bir tehdide karşı herkesin zamana karşı bir yarışa girmesini konu alır.