Godzilla Minus One, savaş sonrası Japonya'nın gözünden Godzilla efsanesini anlatır. Konu özeti: Kamikaze pilotu Koichi Shikishima, firar ettiğinden şüphelenilen Odo Adası'na iner. Eve döndüğünde ailesini ölü bulan Shikishima, Noriko Oishi ve Akiko adlı bir yetime yardım eder. ABD'nin nükleer denemeleriyle güçlenen Godzilla Japonya'ya doğru ilerler. Shikishima, Godzilla ile karşılaştığını Noriko'ya açıklar. Kenji Noda, Godzilla'yı batırarak yok etmeyi planlarken, Shikishima bir intihar saldırısı planlar. Plan gelişirken, Shikishima kendisi için yazılmış bir telgraf alır ve onu hayatta ama yaralı olan Noriko'ya götürür. Mürettebatın çabasıyla Godzilla yok edilir, ancak denize batarken bir parçası yeniden canlanır. Film, Godzilla teması üzerinden bir kişinin kendini gerçekleştirme macerasını ve insan ruhunun dayanıklılığını anlatır.