G.I. Joe 2: Misilleme (G.I. Joe: Retaliation) filmi, G.I. Joe ekibinin, devletin içinden gelen tehditlerle mücadelesini anlatıyor. Devam filminde, ekip sadece ölümcül düşmanları Kobra ile savaşmakla kalmıyor, aynı zamanda Pakistan liderinin suikastı sonrası nükleer savaş başlıklarını güvence altına almak için görevlendiriliyor. Hayatta kalan Roadblock, Lady Jaye ve Flint, Beyaz Saray'da bir şeylerin ters gittiğinden şüpheleniyor ve Zartan'ın (Arnold Vosloo) ABD başkanının yerine geçtiğini keşfediyor. Sonunda, G.I. Joe ekibi ve bir güvenilir eski dost, dünyayı Cobra'nın yıkıcı planlarından kurtarmak için bir araya geliyor.