Fringe dizisinin 1. sezonunun 1. bölümü olan "Pilot" bölümünde esrarengiz bir uçak kazasıyla başlanır 5.

Bu uçağın içinde yayılan gizemli bir hastalık soruşturması sırasında, aynı zamanda Olivia Dunham’ın sevgilisi olan FBI ajanı Scott, hastalık etkenine maruz kalarak ağır yaralanır 5. Ajan Scott’ın kurtulması için tek umut, 17 yıldır akıl hastanesinde bulunan Profesör Walter Bishop’tur 5. Walter Bishop, Harvard Üniversitesi’nde bilimin sınırlarını zorlayan çalışmalar yaparken bir patlamada laboratuvar asistanının ölümüne yol açarak akıl hastanesine kapatılmıştır 5. Walter’ı oradan çıkarmak içinse yaşayan tek akrabası olan oğlu Peter Bishop’un yardımı gereklidir 5. Ancak babası gibi bir dahi olan Peter, eğitimini yarım bırakarak yasa dışı işlere bulaşmıştır ve Olivia’ya yardım etmeye gönüllü değildir 5.

Bu koşullarda bir araya gelen ekip, Walter’ın Harvard’ın bodrumundaki eski laboratuarında sınırbilim çalışmalarına başlar 5.

Bu bölüm, aynı zamanda "Düzen" (The Pattern) adı verilen gizemli bir olaylar zincirini de konu alır 5. Olivia’nın FBI’daki şefi Broyles, birbirine bağlı gibi görünen bu doğaüstü olayları araştırmaktadır 5.

Birinci sezon, bu gizemli olayları ve ZFT (Zerstörung durch Fortschritte der Technologie/Teknolojinin İlerlemesiyle Gelen Yıkım) adındaki bir biyoterör örgütüyle mücadeleyi konu alır 5.