Fanaa filminin sonunda, Zooni ve Rehan'ın hikayesi trajik bir şekilde sona erer.

Zooni, ameliyat sonrası gözlerini açtırdığında Rehan'ın öldüğünü sanmaktadır 2. Yıllar sonra Rehan'ın hayatta olduğunu ve bir terörist olduğunu öğrenir 3. Rehan, yaralı bir şekilde Zooni'nin evine sığınır ve ona kimliğini açıklar 5.

Rehan, görevini tamamlamak için bir ordu karakoluna gider ve bir askeri öldürerek gizlice dışarı çıkar 5. Zooni, babasının cesedini ve nükleer tetikleyiciyi bulunca, oğlunu da alarak Rehan'ın yerini polise bildirir 1. Son çatışmada, Rehan Zooni'yi tetikleyiciden uzaklaştırmaya çalışırken bacağından vurulur 1. Zooni, Rehan'ı vurmaktan başka çare bulamaz ve onu öldürür 5.

Film, Zooni ve oğlunun, Rehan ve babasının mezarlarını ziyaret etmesiyle sona erer 1.