Engin Günaydın'ın en iyi filmi konusunda kesin bir görüş birliği yoktur, ancak bazı eleştirmenler ve izleyiciler tarafından öne çıkan filmler şunlardır: 1. "Vavien" (2009). 2. "Yeraltı" (2012). 3. "İçimdeki Ses" (2015). Ayrıca, "G.O.R.A." (2004) ve "Aile Arasında" (2017) filmleri de Engin Günaydın'ın kariyerinde önemli yer tutan yapımlar arasındadır.