Emret Komutanım dizisinde bazı karakterlerin ayrıldığı bölümler şunlardır: Ferit Tekin (Arda Kural), Karargah Destek Bölüğünden ayrılmıştır. Suzi (Merve Debre), albayın kızı olarak dizide yer almış ve daha sonra ayrılmıştır. Ayrıca, 2013 yılında yayınlanan "Emret Komutanım Yeniden" adlı versiyon, 30. bölümüyle final yaparak sona ermiştir.