"Ekmek Teknesi" dizisinin yasaklanma nedeni, dizide anlatılan dini hikayelerin bazı izleyiciler tarafından rahatsız edici bulunması olarak iddia edilmiştir. Ayrıca, 28 Şubat döneminde askerlerin bazı dizilere müdahale ettiği ve bu tür müdahalelerin de dizinin yayından kaldırılmasında etkili olduğu düşünülmektedir.